Le Sénégal a été l'un des principaux centres du commerce des esclaves en Afrique de l'Ouest, avec des milliers de personnes capturées et vendues comme esclaves entre le XVe et le XIXe siècle. Les puissances européennes, dont la France, ont largement participé à cette traite négrière, en établissant des comptoirs et des forts le long de la côte pour faciliter le commerce des esclaves.
Le Fort d'Estrées, de par sa position stratégique et sa vocation commerciale, a joué un rôle important dans le commerce des esclaves au Sénégal. Il servait de lieu de transit et d'entrepôt pour les esclaves capturés dans la région, avant leur déportation vers les colonies d'Amérique et des Caraïbes. De plus, le fort était un centre de négoce où les marchands européens et africains se rencontraient pour acheter et vendre des esclaves, ainsi que d'autres marchandises.
Au fil des siècles, le Fort d'Estrées a connu plusieurs modifications et améliorations, témoignant des différents enjeux géopolitiques et économiques de l'époque. Il a notamment été occupé par les Hollandais au XVIIIe siècle, avant de revenir aux mains des Français. À la fin du XIXe siècle, le fort perd de son importance militaire et stratégique, et il est progressivement transformé en lieu de mémoire et de culture.